免疫系に欠陥が生じ、生体防御反応が起こらない状態、つまりT細胞もしくはB細胞の異常により抗原が体内に侵入しても抗体を産生できない状態のことをいい、感染力の弱い細菌類にも感染しやすくなる（日和見感染）。リンパ球の異常の要因は様々であるが、リンパ球の分化成熟過程での異常、リンパ球の活性化機能の異常やT細胞とB細胞の相互作用の異常などが挙げられる。また、免疫不全症には、先天的な遺伝的欠損による原発性（先天性）免疫不全症とウイルス感染や薬剤によって二次的に発症する後天性免疫不全症がある。エイズウイルス*がこれにあたる例であり、エイズウイルスは、ヘルパーT細胞に感染し、その機能を停止、もしくは細胞そのものを破壊することによってその後の免疫応答を阻害し、結果として免疫系の機能不全を招く。