真核生物の染色体（クロマチン）を構成するタンパク質であり、巨大な DNA を核内に収納する際に DNA を折りたたむ最初の段階に関わっている。
　ヒストンには H1、H2A、H2、H3、H4 の 5 種類が存在し、構成するアミノ酸の約 20% がリジン、アルギニンから成る塩基性タンパク質である。H2A、H2B、H3、H4 の 4 種類を 2 分子ずつ含む 8 量体はヒストンコアとよばれ、これに約 146 bp の DNA が巻きつく。ヒストンコアと DNA の複合体はヌクレオソームとよばれ、ヒストンが塩基性アミノ酸を多く含むために正の電荷を持つのに対し、DNA に存在するリン酸が負の電荷を持つため、安定した複合体を形成する。ヌクレオソーム間の DNA はリンカー DNA とよばれ、この部分に 1 分子の H1 が結合する。ヒストンコアに巻きつく DNA の長さは生物種によらずほぼ一定であるが、リンカー部分の長さは種によって異なる。