1979年度の設置以来、医療薬学教育の先駆的役割を果たしてきた大学院薬学研究科は、薬学部教育の6年制への移行に伴い、6年制薬学部を基礎とする4年制博士課程（医療薬学専攻）と、独立大学院としての2年制修士課程（薬科学専攻）を展開しています。高度な専門性と研究能力を備えた薬剤師および創薬科学を中心とした研究者を養成します。

「薬学」および「薬学と医学の境界分野」について、薬学研究科担当教員に加え、本学医学部、付属病院の薬剤師、医師による指導のもと、薬剤師や研究者として自立して医療活動、研究活動を行うために必要な、高度な専門性と研究能力およびその基礎となる豊かな学識を養います。6年制薬学部卒業者だけでなく、社会人、薬科学専攻修士課程修了者も受け入れています。

薬を取り巻く学術と技術の進歩に貢献する、創薬科学を中心とした研究者を養成します。講義科目を通じ薬学の基礎的知識を、演習科目と各自が定めたテーマに基づく研究科目の履修を通じ、薬学の専門的知識･技術を修得します。修士課程修了後、医療薬学専攻博士課程進学への道も開かれています。